診断には、病歴、扁桃局所所見、扁桃誘発試験や扁桃打ち消し試験などが用いられます。
病歴は大切で、咽頭、扁桃炎時の二次疾患増悪の有無、反復性咽頭、扁桃炎の既往の有無、二次疾患発症時の咽頭、扁桃炎先行の有無等を聴取する必要があります。
扁桃病巣疾患に特徴的な扁桃局所所見は存在せず、扁桃の大きさや濃栓付着の有無は関係ないとされています。
有名な扁桃誘発試験は誘発方法、誘発時間、判定項目、判定時間、陽性基準、試験結果と口蓋扁桃摘出術（以下扁摘）の手術効果が一致しない等、様々な問題点が指摘されています。
しかし、誘発によって、二次疾患に変化がおこるか否かは大切です。